关于和硕特部的族源，有人认为和硕特部的上统治者应该是成吉思汗弟弟哈布图哈撒尔的后代，而其下属则主要来自五粮液三卫中的傅余伟。
帕拉斯在报告中还说，在卫拉特部，“只有和硕特王公与成吉思汗有血缘关系，他们把成吉思汗的二哥哈布图哈撒尔作为部里的祖先”。
不管真实情况如何，至少和硕人自己是把哈布图哈撒尔当祖先的。据《蒙古王公传》记载，“其始祖为元太祖之弟哈布图·哈萨尔”和“至忽必烈，其称魏拉特汗，其后其子哈尼诺·严·郭虹”。
哈尼·郭彦洪在万历十五年的库伯克尔之战中被廓尔喀的阿拜代汗所杀。
哈尼·郭彦洪死后，他的儿子拜巴加斯继任和硕特部首领。也是在巴巴加斯时期，和硕部开始在四大卫城占据突出的领导地位。
蒙古历史学家巴图尔·乌帕·图们说，当时“白巴嘎山独引外番斯卫拉特”。另一部《斯威拉特史》记载:“当时白巴嘎斯等蒙古人是斯威拉特的首领。”
但拜巴加斯的领袖地位可能比强势统治下属的可汗王更接近联盟领袖。
《蒙古政教史》描述其地位说:“当时卫拉特四盟的首领是和硕特的白巴格斯诺彦。”
巴巴加斯时期，巴巴加斯对维拉特有两大贡献。一方面，拜巴加斯带领威拉特对抗哈尔卡。
天启三年，魏拉特与石洪太基、乌帕决战，和硕特部是出兵最多的一个。当时“白巴汗，和硕特，天下大国。”他率领一万六千人的军队，他掌握着威拉特的政治和宗教权力”。
除了与喀尔喀作战，拜巴加斯还在威拉特大力推行黄教。据《四书五经》二史记载，拜巴嘎斯听说佛教后，打算出家。
卫拉特王公为了留住拜巴嘎斯，各派一个儿子出家。薄伽梵歌对黄教的大力支持使其在威拉特迅速传播。“慷慨的薄伽梵歌使人们皈依佛教”。
据《赞雅班迪达传》记载，这一集体出家事件发生在万历44年。不是拜巴嘎斯出家，而是后来出家的卫拉特名僧赞雅班迪达。这一事件不仅促进了黄教的传播，也使卫拉特借此机会探索了一条进藏之路。
在这一事件中，“共有32名诺延送儿子成为喇嘛，同时从老百姓中挑选了200名男孩作为上述诺延子女的侍从。”这些人被送到安多和西藏修行。
为了送他们修行，卫拉特王公“派人从阿克苏、巴里坤两路开辟进藏之路”，从此“进藏之路”从卫拉特开始。
这次探险为古率部南下青藏高原奠定了基础。在硕雷乌帕打败石洪太吉后，威拉特摆脱了哈尔卡的控制，独立了。但仅仅两年后，维拉特爆发内乱。
天启五年，拜巴加斯的堂弟清泰吉去世，拜巴加斯霸占了清泰吉的全部财产，这引起了拜巴加斯的另一个堂弟楚库尔泰吉的严重不满。
准噶尔部的哈拉、拉出面调解双方矛盾。“拜巴加斯把清太吉的600个臣民分给楚库尔，他自己拿了400个”，但“楚库尔太吉还想要剩下的臣民，拜巴加斯不肯再给了”。调解失败后，双方大打出手。楚库尔率军大败拜巴加斯，准噶尔哈拉领兵救应。
很快，因为争夺归属权而爆发的内乱蔓延到了整个维拉特部。杜尔伯特部的达赖、图尔胡特部的尔莱克等人联手“率领大批卡尔梅克人进攻楚库尔泰吉”。
楚库尔闻讯后“逃到伊希姆河对岸，想到秋明上游的托普河过冬”。此后，丘库尔和拜巴加斯之间的斗争一直没有结束。
崇祯元年前后，拜巴加斯攻打楚库尔，但在战斗中被楚库尔杀死。
巴加斯死后，他的哥哥古韩石继承了和硕特部首领的位置，继续与楚库尔抗衡。崇祯三年，古与杜尔伯特部的达赖喇嘛联手，在乌拉尔河附近击败楚库尔，“楚库尔太极战死”。
至此，威拉特五年内乱终于落下帷幕。随着顾接手和硕特系，和硕特系即将迎来新的发展阶段。
卫拉特自大蒙古国时期加入成吉思汗后，一直处于蒙古汗的控制之下。直到北元时期，瓦拉的乌齐哈哈哈杀了蒙古大汗额尔贝克汗，瓦拉从此与东蒙分裂，并与之展开了持续近两个世纪的战争。
瓦拉在拓跋氏父子掌权时期达到顶峰，统一了蒙古各地，东起辽东，西至哈密，全部在瓦拉的控制之下。
叶仙的霸权并没有持续多久。他死后，东蒙再次崛起，与瓦拉展开新一轮战争。在东蒙古的压迫下，瓦拉向西迁徙，迁到了汉盖山西部。
与此同时，瓦拉也向南扩张。在与察合台汗国发生一系列冲突后，瓦拉将其南部边境延伸至哈密和吐鲁番以北。
到了16世纪下半叶，威拉特受到了来自外部的更严重的威胁。东蒙古的安达汗和廓尔喀的阿巴泰汗都曾征服过卫拉特，廓尔喀甚至在16世纪末17世纪初控制了卫拉特，并对其征税。
经过艰苦的斗争，卫拉特人在天启第三年打败了喀尔喀之锚乌帕世弘泰吉，摆脱了喀尔喀的控制。
也是在同一时期，和硕特部的贝波·米尔扎、哈尼诺·郭彦洪、拜巴加斯相继成为卫拉特部的首领，带领卫拉特人抵抗喀尔喀，积极传播黄教。
凯尔卡战败后，和硕特爆发内乱，战争波及整个斯威拉特。最终，古率领军队平定了内乱，恢复了斯维拉特的和平。
随着古韩石走上历史舞台，和硕特部将进入一个新的历史发展阶段，他们将在更广阔的青藏高原上建立一个新的汗国。
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