机器人大战EX之后，三个月过去了……
在战乱中，地球经济陷入严重衰退。被日渐猖獗的恐怖活动激怒的地球联邦政府，决定放弃全部外空殖民地以加强地球的霸权。
被提名为地球圈安全防卫官的贾米托夫准将，以镇压反动分子为名，建立了一支由旧DC部队为主的特殊部队泰坦斯。因为成功扑灭恐怖活动和小规模游击战类型的冲突，他被提升为中将，并且在联邦内不断巩固他的地位；主要由DC成员组成的泰坦斯在联邦军中占据了主要地位。
与此同时，联邦外围独立部队朗德·贝尔，被取消了所有特权，并且军力被裁减。如果不是ジョン=コーウェン中将的介入，以在在机器人大战EX中的ラ·ギアス事件缺席长达一个月的理由，朗德·贝尔就会被完全解散；即使如此，朗德·贝尔也不再具有以前的战力。
在这些事件发生的同时，远在矿产小行星アクシズ上，DC残部在哈曼·卡恩的领导下，以美娜芭·扎比为名义首领组建了一个新的部队，名为ノイエDC。与DC不同的是，ノイエDC支持殖民地摆脱地球联邦的横征暴敛。在殖民地不同政见者的支持下，ノイエDC的实力几乎提升到DC的高度。
尽管失去了殖民地的支持，但是DC在短期内以令人惊异的速度完成了重建，这应该归功于他们的新首领，ドン?ザウサー和コロス，从火星总部引入了不可思议的新技术和充足的资金，来实现它的第三次复兴。
在快速脱离地球联邦军队之后，科瓦特罗（夏亚）大佐建立了反地球联合组织幽谷。依赖于来源不明的资金，以及SIDE-1殖民地ロンデニオン的支持，掀起了对地球联邦政府的抵抗运动。
不久，朗德·贝尔对遇到了外星人塔巴，从他的述说中了解到他们的母星波塞达尔军开始计划侵略地球。
于是，战乱的火焰在这里继续燃烧……
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