正宗的同仁堂是北京的，南京同仁堂是它的分号。
北京同仁堂创建于1669年（清朝康熙八年），前后为雍正，乾隆，嘉庆，道光，咸丰，同治，光绪，宣统这8个皇帝提供过御药。
南京同仁堂前身是“北平同仁堂京都乐家老铺南京分号”，1926年因政治中心南迁，经乐氏家族的内部协调最终同意由第十三代传人乐笃周开设南京同仁堂。是北京同仁堂唯一一家正宗分号，配方、工艺、炮制标准与北京同仁堂完全一致。后在1956年南北同仁堂分开经营，与北京同仁堂共承祖业。
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《大清药王》大陆连续剧，乐阔海原型即是同仁堂第八代传人乐兴；剧中主角乐宏达原型则是同仁堂第十代传人，中兴同仁堂家业的乐平泉。
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