进口二类医疗器械的注册部门是

国药监部门。
我国《医疗器械注册与备案管理办法》规定，进口第二类、第三类医疗器械由国家药品监督管理局审查，批准后发给医疗器械注册证。
法律依据：《医疗器械注册与备案管理办法》第八条：1、第一类医疗器械实行产品备案管理。
第二类、第三类医疗器械实行产品注册管理。
境内第一类医疗器械备案，备案人向设区的市级负责药品监督管理的部门提交备案资料。
2、境内第二类医疗器械由省、自治区、直辖市药品监督管理部门审查，批准后发给医疗器械注册证。
3、境内第三类医疗器械由国家药品监督管理局审查，批准后发给医疗器械注册证。
4、进口第一类医疗器械备案，备案人向国家药品监督管理局提交备案资料。
5、进口第二类、第三类医疗器械由国家药品监督管理局审查，批准后发给医疗器械注册证。