1、纯化学药剂消毒法，投加化学消毒药剂法，通常是氯系消毒剂，常用氯系消毒剂有：液氯;次氯酸钙(漂白粉);次氯酸钠(高效漂白粉、漂水);二氯异氰尿酸钠(优氯净);三氯异氰尿酸(强氯精);溴氯海因(溴片);二氧化氯 。
2、臭氧消毒法，臭氧在常温常压下是一种不稳定的淡紫色气体，对各种病毒、细菌均有杀灭能力，对降解各种有机毒物，除色、除嗅、除味、改善水质效果极佳。其作用机理是通过破坏细菌的脱氢酶干扰其呼吸功能，氧化各种酶和蛋白质，破坏细胞膜结构而达到消毒的效果。
3、紫外线消毒法，紫外线是一种低能量的电磁辐射，其能量只5eV，穿透力很差。紫外线照射能量较低，不足以引起原子的电离，仅产生激发作用，使电子处于高能状态而不脱开。通过对水体进行紫外线辐射透入微生物体内作用于核酸、原浆蛋白酶，使其发生化学变化而造成微生物死亡。
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