申请单位或个人应向当地渔业行政主管部门提出申请，并提供相应的材料，受理后，各级渔业行政主管部门按照各自的权限进行审批或审核。发放捕捞许可证应具备下列材料和条件；
（一）《渔业捕捞许可证申请书》；
（二）《渔业船网工具指标批准书》原件(海洋捕捞渔船)；
（三）有效的《渔业船舶检验证书》原件和复印件；
（四）有效的《渔业船舶登记（国籍）证书》原件和复印件；
（五）渔具和捕捞方法符合国家规定标准；
（六）《渔捞日志》（海洋大型、中型渔船再次申请捕捞许可证）；
（七）农业部远洋渔业项目批准文件（公海作业的远洋渔船）；
（八）企业法人营业执照或个人户籍证明原件和复印件
（九）《渔业捕捞许可证》原件和复印件（专项、特许捕捞）
（十）农业部规定的其他条件。
办理程序：
拟从事捕捞作业的单位或个人（以下称申请人），须填写《渔业捕捞许可证申请书》，并附有关材料，持户籍证明或工商营业执照向其户籍或企业所在地的县级以上渔业行政主管部门提出申请，逐级上报至有审批权的主管机关审批。属农业部审批的申请，经省级渔业行政主管部门审核同意后，由所在海区渔政渔港监督管理局复核汇总(内陆捕捞渔船除外)，报农业部审批。属省级渔业行政主管部门或其所属的渔政渔港监督管理机构审批的申请，由县、市渔业行政主管部门审核同意后，报省级渔业行政主管部门或其所属的渔政渔港监督管理机构审批。
下列作业渔船的渔业捕捞许可证，由农业部审批，委托农业部各海区渔政渔港监督管理局发放：
（一）海洋大型拖网、围网渔船；
（二）到我国与有关国家缔结的协定确定的共同管理渔区、南沙海域、黄岩岛海域作业的渔船；
（三）到特定渔业资源渔场、水产种质资源保护区作业的渔船。
（四）到公海作业的远洋渔船的渔业捕捞许可证，
下列作业的渔业捕捞许可证，由农业部审批，委托农业部各海区渔政渔港监督管理局或省级渔业行政主管部门及其所属的渔政渔港监督管理机构发放：
特种水产养殖户向渔业主管部门申请办理，领取水生野生动物利用特许证件，特许证件包括《水生野生动物特许捕捉证》、《水生野生动物驯养繁殖许可证》、《水生野生动物特许运输证》、《水生野生动物经营利用许可证》。
一、法律上规定纳入保护的水生野生动物及其产品，包括列入《国家重点保护野生动物名录》的国家一、二级保护水生野生动物、列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录的水生野生动物、广东省重点保护水生野生动物以及驯养繁殖经营上述物种（我区常见的有：三线闭壳龟、黄喉拟水龟、黑颈乌龟、黄缘盒龟、安南龟、大东方龟、山瑞鳖、红珊瑚、美丽硬仆骨舌鱼、花鳗鲡、胭脂鱼、娃娃鱼、龙趸、老鼠斑、苏眉、锦绣龙虾、中国龙虾、中国鲎、鲥鱼、海马、鳄鱼、史氏鲟、俄罗斯鲟、杂交鲟等鲟形目所有种及闭壳龟所有种）。
二、凡需要捕捉、驯养繁殖、运输以及展览、表演、出售、收购、进出口等利用水生野生动物或其产品的单位和个人，都必须依法向渔业主管部门申请办理领取水生野生动物利用特许证件，特许证件包括《水生野生动物特许捕捉证》、《水生野生动物驯养繁殖许可证》、《水生野生动物特许运输证》、《水生野生动物经营利用许可证》。
三、未依法办理相关许可证或超越许可证规定捕捉、驯养繁殖、运输以及经营利用水生野生保护动物及其产品的（包括人工驯养繁殖的），依法予以行政处罚，情节严重的，依法追究刑事责任，最高可判处十年以上有期徒刑。
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