在取得重大成绩的同时，我国渔业仍存在许多深层次的结构性矛盾，主要表现在：
(1)从水域保护和资源开发结构看，水域环境恶化、资源衰退现象日趋严重。由于工业和生活污水大量排放，以及突发性污染事故、工程建设项目对鱼类栖息地的严重破坏，再加上养殖生产高密度，自身污染严重，致使渔业水域生态环境受到严重污染和损害，天然渔业资源和养殖业都面临威胁，特别是污染破坏了部分经济鱼类的近岸产卵场和养殖水域，使鱼类繁殖能力严重下降，加剧了渔业资源的衰退。
(2)从水产品养殖结构看，养殖品种单一，结构雷同，养殖方式落后，新的优良品种少，名特优产品的养殖比例低，病害和污染严重。
(3)从海洋捕捞结构看，国内捕捞渔船增长的势头还没有得到有效的控制，海洋渔业资源保护的难度很大，以开发公海渔业资源为主的大洋性渔业比重还很小。随着国际海洋制度的建立和《国际海洋法公约》的实施，中日、中韩渔业协定的签字生效，我国传统的作业渔场将减小。随着国际石油价格的持续上涨，国内市场的石油价格随之上扬，使渔业成本大幅上升。另外，国内与国际渔产品价格过低，导致了海洋捕捞经济效益走低。
(4)从水产品加工和流通结构看，加工企业规模小、生产设备老化，保鲜、加工技术落后等，严重制约了加工业的发展。加工、流通和相关产业发展相对滞后，初级产品多，加工产品少，粗加工产品多，精深加工和高附加值产品少，渔业比较效益下降，渔民增收难度增大。
(5)从水产品供给结构看，由于水产品养殖品种不合理，名优品种比例很小，产业化水平低，不适应国内外市场的需求变化，主要产区不同程度地出现了区域性、结构性的产品过剩和价格下跌等问题。
(6)从渔政管理和市场流通结构看，我国的渔政管理在实际执法工作中，由于经济利益驱动，往往是“分级管理有余，统一领导不足”。
渔业废水排放标准
应该借鉴珠三角的桑基鱼塘、鱼鸭共养、用天时好乳酸菌调水和饲料混合乳酸菌减少用药等经验。水产品消费呈现出由追求数量到追求质量转变趋势。集约化方式养殖的产品不再具备市场竞争力，“安全”、“绿色”、“天然”等生态概念引入了水产品的生产、销售。 资源养护和生态环境保护等生态文明成为渔业发展新阶段的重要标志。
生产每公斤鱼大约用水4-5立方米，养殖用水的回收再循环利用几乎没有，水资源浪费现象极为严重。 由于连续多年过量开采地下水资源， 区域性地下水位下降、直接导致了白城、松原、长春地区的江河水量减少、甚至断流、湖泊泡沼干涸、土著鱼类资源衰竭、气候干旱、农田沙化、盐碱化的不良局面，给农(渔)业经济可持续发展带来巨大负面影响。表面上看渔业的迅速发展为社会提供了就业机会、给养殖者带来了一定利润、满足了市场需求，而实际上养鱼经济效益远远不能弥补水资源浪费和生态环境破坏造成的损失。
池塘集约化养殖投入的上千万吨的饵、肥料和大量药物，每年近3亿立方米养殖废水的排放，加剧了江河湖库的富营养化和污染程度。 多年的重复污染，不仅造成了自然水域的水质恶化，给工农业生产、人民生活带来巨大损失，而且由于水质恶化造成了鱼病交叉感染、泛滥成灾，多年大量用药又使鱼病病原体抗药性增强，这种恶性循环导致了水产养殖成本逐年上扬和经济效益回落，增产不增收，高投入、低产出，养殖效益徘徊不前。违禁药品和添加剂的使用得不到有效监控，直接威胁到广大消费者的水产品食品安全。
综上所诉，生态要素已成为新时期渔业经济可持续发展的重要限制因素。
水产养殖废水排放标准DB33/453-2006
本标准规定了水产养殖废水排放要求、测定方法和检验规则。
本标准适用于封闭性水体水产养殖、育苗废水的排放。
法律依据：
《中华人民共和国环境保护法》第十六条国务院环境保护主管部门根据国家环境质量标准和国家经济、技术条件，制定国家污染物排放标准。
省、自治区、直辖市人民政府对国家污染物排放标准中未作规定的项目，可以制定地方污染物排放标准;对国家污染物排放标准中已作规定的项目，可以制定严于国家污染物排放标准的地方污染物排放标准。地方污染物排放标准应当报国务院环境保护主管部门备案。
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