这要看这家水产养殖单位的注册情况，如果是国企，管理单位是当地国资委；股份公司或个体工商户，管理单位是当地的工商局。当地的海洋与渔业局属于业务指导和服务部门，并不是管理部门。现在政府部门要求就是为企业服务，则有些地方成立协会或商会、合作社等社会民间组织名义上行使行业的管理工作，但并不到位。
水产属于农业范畴，统归农业部管，行政上和水利部门无关；
在一些水产养殖欠发达的地方，有农林局，或是海洋与渔业局监管；
在水产相对成熟的地方则为：渔业局或是水产局。
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