木薯乙醇更好；
以下具体分析：
在变动成本方面，由于粮食价格的上涨，用玉米生产燃料乙醇的原料成本居高不下。
按照行业平均水平，每3.3吨玉米可以生产出1吨燃料乙醇。以2007年1~6月的市场平均价格计算，玉米的市场行情为1500~1700元/吨，加上800元左右的加工费、100元的脱水费用和100元的销售费用，每吨燃料乙醇的成本约为5950~6610元。
而出售给石油企业时，每吨燃料乙醇大约售价为4500元，另外生产过程中产生的酒精蛋白饲料价值为960元左右，这样，如果没有补贴，每生产1吨玉米乙醇，企业将亏损490~1150元左右。
与玉米乙醇相比，每吨木薯乙醇的成本要低1800~2460元，每吨木薯乙醇按4500元/吨的销售价格计算，加上生产过程中产生的副产品，在没有补贴的情况下，每吨木薯乙醇可盈利1070元/吨。
这还不包括由于减少了二氧化碳的排放量，每年可以获得CDM(清洁发展机制)项目资金。
CDM项目的核心内容是允许发达国家应用资金和技术与发展中国家合作，在发展中国家实施生物质能的开发和利用，从而达到减少温室气体排放的目的。
每吨燃料乙醇能够产生2吨的二氧化碳减排量，根据目前国际市场的平均价格，减排量约为10美元/吨，每吨燃料乙醇的减排收益为20美元/吨。那么，按乙醇销售价4500元/吨、木薯450元/吨、酒精蛋白饲料1200元/吨计，年产10万吨的木薯乙醇的毛利润为10700万，另外还可以获得CDM项目资金1500万元
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