《棋魂》的大结局是褚嬴留在了棋盘里，佐为的消失是必然，他与小光命运般的相遇以及为何相遇，在佐为和名人唯一一局的正式对弈后也给出了答案。光输给了亮，光是否练成神之一技没有确切答案，棋魂里面谁最厉害的应该是亮。
佐为消失后，小光一度陷入消沉，消沉到无法重新拿起棋子。他后悔没有让佐为多下几盘棋，后悔为什么自己总占着棋盘让佐为越来越没机会下棋，后悔佐为消失的那天自己为什么要睡着，后悔自己为什么不好好听他说话。然而在经历了这个过程之后，他又在棋盘中看到了佐为的影子。
评价：
与漫画版本相比，该剧最大程度保留了漫画的故事结构与人物设定，同时创新融入本土元素，通过着重刻画少年们在棋局博弈中的蜕变历程，传递出顽强不息的体育竞技精神，呈现热爱的力量与热血的青春梦想。
该剧在内容方面留给改编者自由想象和发挥的空间也较小，同时影视化过程中对于内容的填充难免会让部分情节存在违和感。总之，剧版《棋魂》的改编虽然不算特别惊艳，但整体还是上佳。
《棋魂》这部动漫是很多人童年的经典之作，就算是现在依旧拿出来重新观看，还是会有一种全新的体验。
虽然这部动漫是以围棋为故事素材，但是却表现的是一种成长。
藤原佐为作为动漫的关键人物，虽然很多人都不希望他消失，但是结局的他还是消失了。这也是推动剧情的必然条件
而最开的藤原佐为出现，也是因为其心中对于围棋的执着。
身为日本平安时代的天才棋手，因为遭到小人暗算，而后自杀身亡。
因为其对于围棋对于“神之一手”的遗憾，灵魂附身在棋盘上，当有缘人出现时，藤原佐为也会现身。
而到了进藤光的时候，他可以说是藤原佐为的第二个宿主了。
进藤光从最开始的对围棋没兴趣，在藤原佐为的引领下，一步一步迈入围棋的世界。
看着进藤光的成长，藤原佐为内心十分欣慰。
后来在小光的安排下，藤原佐为和塔矢名人两人在网络上完成了跨越千年恶对局。
最后藤原佐为险胜赢下这场史诗级的对局，也算是完成一个心愿。
但是小光无意间发现，塔矢名人只需要改变一手，就可以完成局势的逆转，赢下佐为。
就这样，佐为寻找千年之久的神之一手被小光直接指出，他内心最大的愿望也得意完成。
心愿已了又何故滞留人间，就如同我们很多的悬疑故事一样，佐为也是一样。
而且现在的进藤光已经不再需要佐为的指引了，因为他能够下出自己的棋，走自己的路。
这一点在动漫中表现得也十分出色，或许在最开始的时候，遇到强敌小光身边都会有佐为指导。
但是人总是在成长，对于个人价值观的体现就非常重要了，小光下的棋不是佐为的棋，而是自己的棋。
所以佐为的消失也是一种必然！
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